Vào ngày 4 tháng 1 năm 1993, Sở Giao dịch Chứng khoán Manila cũ đã bắt đầu tin học hóa các hoạt động của mình bằng Hệ thống Giao dịch Stratus (STS) với một công ty có tên là Equicom. Vào ngày 15 tháng 6, Sở giao dịch chứng khoán Makati cũ đã thông qua hệ thống giao dịch MakTrade. Cả hai hệ thống được liên kết vào ngày 25 tháng 3 năm 1994 để tạo ra một trao đổi thị trường một giá. Hai năm sau, vào ngày 13 tháng 11 năm 1995, việc triển khai Hệ thống giao dịch hợp nhất (UTS) cho phép sử dụng hệ thống sổ đơn hàng trên phần mềm MakTrade nơi tất cả các đơn đặt hàng được đăng và khớp trong một máy tính.

Vào tháng 10 năm 2004, Công ty thanh toán bù trừ chứng khoán Philippines (SCCP), một cơ quan thanh toán bù trừ và thanh toán cho các giao dịch đủ điều kiện lưu ký, đã trở thành công ty con thuộc sở hữu của PSE. SCCP đóng vai trò là điều phối viên thanh toán và quản lý rủi ro cho các giao dịch môi giới cũng như quản trị viên của quỹ bảo lãnh thương mại.

Năm 2005, PSE đã áp dụng một hệ thống công bố thông tin hàng ngày trực tuyến (ODiSy) để cải thiện tính minh bạch của các công ty niêm yết và đảm bảo công bố thông tin đầy đủ, công bằng, kịp thời và chính xác từ tất cả các công ty niêm yết. ODiSy cung cấp quyền truy cập hệ thống trực tuyến 24/7 để gửi tất cả các loại tiết lộ.

Vào ngày 26 tháng 7 năm 2010, PSE đã ra mắt hệ thống giao dịch mới, PSEtrade, thay thế hệ thống MakTrade. Hệ thống được mua lại từ Sở giao dịch chứng khoán New York.

Vào ngày 22 tháng 6 năm 2015, PSE ra mắt hệ thống giao dịch mới, PSEtrade XTS, sẽ thay thế hệ thống PSEtrade mua lại từ Sở giao dịch chứng khoán New York. Hệ thống giao dịch mới sẽ được mua lại từ NASDAQ

Năm 2016, Giải thưởng Marquee của tạp chí Alpha Đông Nam Á đã công nhận PSE là Thị trường chứng khoán tốt nhất Đông Nam Á trong năm 2015.[5] Alpha Đông Nam Á, được đặt tên là PSE một lần nữa là thị trường chứng khoán tốt nhất ở Đông Nam Á năm 2017, trong 4 lần trong 5 năm.